Геомикробиологический метод (ГМБ) используется в комплексе (или самостоятельно) с геохимическими исследованиями для выявления и локализации скоплений УВ флюидов на глубине. Метод получил широкое развитие  за рубежом и используется в различных климатических (в т.ч. в зоне вечномерзлых пород) и геологических условиях, как на суше, так и на море.

В основе применения метода лежит предположение о формировании «бактериального фильтра» (углеводородоокисляющего биоценоза) в зоне миграции УВ газов над нефтегазовыми скоплениями в верхней части разреза (Могилевский Г.А.,1937). Геомикробиологические исследования выполняются по приземному воздуху, снежному покрову, поверхностным и подземным водам, почвам, грунтам и породам. Геомикробиологические показатели, применяемые при ГПНГ, обычно подразделяются на прямые и косвенные. Особое значение метод приобретает в местах с низкими концентрациями УВ, что определяется более высокой чувствительностью микроорганизмов по сравнению с чувствительностью существующих газоаналитических приборов.

Методика исследования проб заключается в количественной и качественной оценке метанотрофных бактерий, в том числе в определении генетического и таксономического состава бактерий на основе анализа гена 16S рРНК с использованием способа секвенирования (NGS).

 Оценка численности аэробных метанотрофных бактерий определяется двумя методами:

- FISH-гибридизацией (метод гибридизации с флуоресцентно-меченными зондами).

- Культивирование с использованием агаризованных сред .

 Геомикробиологический метод также широко применяется для решения нефтепромысловых задач в силу зависимости интенсивности развития бактерий в верхней части разреза от запасов УВ и пластового давления в продуктивном горизонте.

 - для определения и локализации мест утечек газа на промысловых площадях и газохранилищах;

- интенсификации объемов добычи нефти в малодебитных скважинах, оконтуривании границ продуктивности и обводненности коллекторов;

- борьбы с метаном в угольных шахтах.

При решении экологических задач метод ГМБ используется для определения степени газонасыщенности и газогенерационной способности насыпных грунтов (строительных площадок и полигонов ТБО) на основе изучения активности метангенерирующей и метанокисляющей микрофлоры.